大神島地域は本土から離れており、被疑者及び受刑者の移送が困難となるため司法分野は完璧に自己完結が求められる。国内で唯一の大審院の派出所他、高等裁判所、地方裁判所、最高検察庁の派出所、高等検察庁、弁護士会館、憲兵隊評議処も存在する。また郊外には死刑執行機能を持った南大神拘置所や長期収容者から短期収容者をマルチに収容できる南大神刑務所も設置されている。
南大神最高司法合同庁舎
南大神高等裁判所
南大神司法総合庁舎(南大神地裁、南大神高等検察庁、南大神弁護士会館、北島衛戍地憲兵隊評議処
南大神拘置所
南大神刑務所